进一步理顺合作医疗管理体制，实行“管办分离”。从20*年起实行乡镇和县直定点服务医疗机构合作医疗专职管理人员考试考核聘用上岗。合作医疗专职管理人员在全县卫生系统公开招聘。由个人申请、单位推荐，经县合管办组织考试、考核后择优录用，发给聘用证书。聘用的专职管理人员工资待遇由县合管办考核发放，在县合管办直接领导下开展工作。合作医疗专管员在业务上与所在单位彻底分离，不在医疗机构兼职，独立行使监督职能。合管办专职管理员实行岗位工资制，专职管理员月工资核定900～1000元，略高于同等岗位水平，年底再根据全县在职职工分配水平调整发放水平，就高不就低。县合管办依照《合作医疗专职管理人员考核办法》，每年对合作医疗专职管理人员进行两次考核，考核结果分为优秀、合格、不合格三个等次，作为其个人待遇和先进个人评选的依据，连续两年不合格的予以解聘。
3、建立信息网络体系。为达到合作医疗工作快捷、方便、高效运转的目的,建立了**县新型农村合作医疗网站, 通过公众网络运行。合作医疗各项政策、工作动态、补偿公示等，点击网站就可查询或下载。网站开通以来，点击人数已达43000余人次。对定点服务医疗机构、乡镇合管办实行了计算机联网管理，工作质量和服务行为得到动态实时监测，减轻了工作强度，加快了信息反馈速度，提高了工作效率，减少了失误，堵塞了漏洞。同时开发了实用性较强的《**县新型农村合作医疗应用系统》，运用于农村合作医疗的管理。
(二)坚持封闭管理，确保基金安全，建立科学有效的基金管理和筹资机制
实施新型合作医疗制度的效果在一定程度上取决于基金的筹集、管理与使用的效率和效益。
1、积极探索低成本、高效率的筹资机制。为有效解决筹资难，降低筹资成本，提高工作效率，防止个别地方借合作医疗筹资捆绑收费、搭车收费、甚至截留挪用农民参合资金;避免合作医疗信息漏登、错登、重登，避免农民年初登记，年尾不交钱，成本高、效率低的问题发生，我们改革登记方式，将20*年农民参加农村合作医疗实行边登记、边签合同、边缴费、边发证的“四边”工作方式，在规定的时间内，一次性完成。今年开始在全县试行，共有42.6万多农民参加了农村合作医疗，农民参加合作医疗个人缴费部门收缴率为100%。
2、规范基金管理、确保发挥最大效用。保障合作医疗基金安全是各级政府和有关部门的重要职责，我县合作医疗基金管理严格实行“收、管、支”三分离模式，并通过新型农村合作医疗基金代理银行----农业银行网上银行系统，加强对合作医疗基金运行情况的实时监控。农民个人门诊基金纳入合作医疗基金统一管理，分乡镇核算。乡镇建立了农民个人门诊帐户台帐，分村记帐，明细到户，精确到人。农民个人门诊帐户可随时到乡镇经办机构查询，做到了县、乡镇、村、农户“四对口”。住院补偿基金通过政策调整，预测不会出现亏损或过多的沉淀。
3、推行住院补偿“三级结算审核制”。参合农民因病在定点服务医疗机构住院治疗，住院时由其进行资格审查，出院时合作医疗补偿部份由定点服务医疗机构直接补偿，并负责对补偿金额进行审查;乡镇合作医疗经办机构或定点服务医疗机构合管科负责对定点服务医疗机构的补偿情况进行复审，审查出来的问题由其负责处理;县合管办负责对乡镇经办机构或定点服务医疗机构合管科上报结算资料进行审核，审核不符合规定的不予补偿，由并责令乡镇经办机构或定点服务医疗机构合管科限期整改。
