潜伏期3～60天，平均1～2周。
(一)典型伤寒 典型患者临床表现可分为4期：
1.初期 相当于病程第1周。病多缓起，体温呈阶梯状上升，于5～7日达39.5℃或以上，伴有全身不适、食欲不振、咳嗽等。部分患者出现便秘或腹泻。
2.极期 相当于病程第2～3周，其主要表现如下：
(1)高热体温转为稽留高热，一般持续约半个月，但免疫功能低下者可长达1～2月。近年来，由于早期不规律使用抗生素或激素，使得弛张热及不规则热型增多。
(2)神经系统中毒症状 患者表情淡漠、反应迟钝、耳鸣、听力减退。重者可有谵妄、抓空、昏迷。合并虚性脑膜炎时，可出现脑膜刺激症。
(3)皮疹 约半数患者在病程第一周末于前胸、腹部出现淡红色丘疹(玫瑰疹)，直径达2～4mm，压之退色，散在分布，量少，一般仅数个至十数个，多在2～4日内消退。
(4)相对缓脉 20～73%的患者体温高而脉率相对缓慢，部分患者尚可出现重脉。并发中毒性心肌炎时，相对缓脉不明显。
(5)肝脾肿大 半数以上病人于起病1周前后脾脏肿大，质软;部分患者肝脏亦肿大，且可伴ALT升高，个别病人出现黄疸。
(6)消化系统症状腹胀、腹部不适、右下腹压痛、便秘或腹泻等…。
3.缓解期 相当于病程第3～4周。体温开始波动下降，各种症状逐渐减轻，脾脏开始回缩。但本期内有发生肠出血及肠穿孔的危险，需特别提高警惕。
4.恢复期 相当于病程第4周末开始。体温恢复正常，食欲常旺盛，但体质虚弱，一般约需1个月方全康复。
(二)非典型伤寒
除典型伤寒外，临床偶可见到轻型，暴发型、迁延型，逍遥型及顿挫型等其它临床类型的伤寒。
1.轻型 患者一般症状较轻，体温多在38℃左右，病程短，1～2周即可痊愈。多见于儿童，或发病后早期接受抗菌药物治疗，或已接受过伤寒菌苗注射者。由于轻型患者的病情轻，症状颇不典型，目前又较多见，临床上易至漏诊或误诊。
2.暴发型 起病急，中毒症状重，患者可出现超高热或体温不升，血压降低，出现中毒性心肌火、肠麻痹、休克与出血倾向等。预后凶险。
3.迁延型 起病与典型伤寒相似，但由于人体免疫功能低下，发热持续不退，热程可达5周以上，伴有慢性血吸虫病患者，热程可长达数月之久。
4.逍遥型起病时毒血症状较微，患者可照常工作。部分患者可突然性肠出血或肠穿孔而就医始被发现。
5.顿挫型 起病较急，开始症状典型，但病程极短，于1周左右发热等症状迅速消退而痊愈。
(三)伤寒的复发与再燃
1.再燃 当伤寒患者进入缓解期，体温波动下降，但尚未达到正常时，热度又再次升高，持续5～7天后退热，常无固定症状。
2.复发 患者进入恢复期热退1～3周后，发热等临床表现重又出现，但较初发为轻，病程较短(1～3周)。
(四)并发症
1.肠出血 多见于病程第2～3周，可以大便潜血阳性至大量血便。少量出血可无症状或仅有轻度头晕、脉快;大量出血时热度骤降，脉搏细速，体温与脉搏呈现交叉现象，并有头晕、面色苍白、烦燥、出冷汗、血压下降等休克表现。
伤寒的病理及病程示意图
2.肠穿孔 为最严重的并发症，多见于病程第2～3周。表现为突然右下腹剧痛，伴有恶心、呕吐、出冷汗、脉搏细数、体温暂时下降等，但不久体温又迅速上升并出现腹膜炎征象，肝浊音界减少或消失，X线检查膈下有游离气体，白细胞计数升高。
3.其它尚可并发中毒性心肌炎、中毒性肝炎、肺部感染、溶血性尿毒综合症、胆囊炎等。
