司法实践中，认定划拨土地使用权的争议焦点主要在于是否必须同时履行审批和登记两道程序。立法上对此经历了登记登记及审批登记或审批的过程。国土资源部2004年1月14日发布的《关于国有划拨土地使用权抵押登记有关问题的通知》最终确认，对于以划拨土地进行抵押的，只要到土地行政管理部门办理了抵押登记，则视为经过审批，抵押合同有效成立。但是该通知并未明确在划拨土地使用权抵押经过了审批但未进行登记时的效力，这有待于相关法律法规进一步明确。认为，以划拨土地进行抵押的，抵押登记时土地行政管理部门会进行审查，所以可认定登记视同于审批；而对于经过了审批但未进行登记的情形，由于审批的文件一般并不对外公开，故难以产生登记的公示作用和公信力。即将开始实施的《物权法》第9条也规定：“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。”因此，经过审批但未办理登记的，应视为抵押权的设立尚未发生法律效力。
同时，认定划拨土地使用权抵押的效力还必须区分房地单独抵押和房地一并抵押的情形：
1、仅就划拨土地使用权单独抵押的。《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十五条规定了划拨土地使用权抵押的唯一情形，即在具备（1）土地使用者为公司、企业、其他经济组织和个人；（2）领有国有土地使用证；（3）具有地上建筑物、其他附着物合法的产权证明；（4）依照本条例第二章的规定签订土地使用权出让合同，向当地市、县人民政府补交土地使用权出让金或者以转让、出租、抵押所获收益抵交土地使用权出让金等条件下，经市、县人民政府土地管理部门和房产管理部门批准，可以和地上建筑物、其他附着物所有权一并转让、出租、抵押。由此可见，只有地上附有建筑物的划拨用地使用权才能与建筑物所有权一起设定抵押。认定划拨土地使用权单独抵押的效力必须区分有无地上附着物两种情形：对于无地上附着物的划拨土地使用权抵押的，抵押无效。对于地上附有建筑物的划拨用地使用权，按照《担保法》第36条确立的“房地一体”原则，企业应当将划拨用地使用权及其地上建筑物、其他附着物一并抵押。根据《最高人民法院关于破产企业国有划拨土地使用权应否列入破产财产等问题的批复》第二条的规定“如果企业对以划拨方式取得的国有土地使用权设定抵押时，履行了法定的审批手续，并依法办理了抵押登记，应认定抵押有效”。应当认定抵押有效。
2、仅就建筑物单独抵押。《担保法》第36条第1款之规定：“以依法取得的国有土地上的房屋抵押的，该房屋占用范围内的国有土地使用权同时抵押。”也就是说，建筑物不能脱离其占用范围内的国有土地使用权而单独设定抵押，若仅就建筑物单独抵押的，抵押无效。
3、连房带地一并抵押的。企业将划拨土地使用权及其地上建筑物一并抵押的，符合“房地一体”原则，只要办理了合法的审批登记手续即为有效。根据国土资源部《关于国有划拨土地使用权抵押登记有关问题的通知》的规定，仅要求在土地行政管理部门办理抵押登记即可。
值得注意的是，根据《担保法》第42条的规定，以城市房地产抵押的，办理抵押物登记的部门为县级以上地方人民政府规定的部门。由于历史原因，有的地方政府（如山东省）指定工商行政管理部门作为房地产抵押的登记部门。若企业以划拨土地使用权及其地上建筑物进行抵押时，仅在工商行政管理部门办理了登记手续，抵押是否有效呢？认为抵押无效。因为国土资源部《关于国有划拨土地使用权抵押登记有关问题的通知》规定“以国有划拨土地使用权为标的物设定抵押，土地行政管理部门依法办理抵押登记手续，即视同已经具有审批权限的土地行政管理部门批准，不必再另行办理土地使用权抵押的审批手续”，该通知仅规定了土地行政管理部门的登记能够代替土地行政管理部门的审批，而工商行政管理部门的登记无论如何也替代不了土地行政管理部门的审批。
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