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如何计算引物的合成

2010-08-21 
由于Oligo DNA呈很轻的干膜状附在管壁上,打开时极易散失,所以打开管子前请先离心10,000rpm,1min,然后再慢慢打开......

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1. Oligo DNA是以OD260单位来计算的,这是指在1ml体积1cm光程标准比色皿中,260nm波长下吸光度为1A260的Oligo溶液定义为1 OD260单位,根据此定义,1 OD260单位相当于33μg的Oligo DNA,您可以根据此数据和您的Oligo DNA分子量,计算得到摩尔数以计算不同摩尔浓度的溶液。

  2. 引物序列的分子量计算公式如下:

  MW=(A碱基数×312)+(C碱基数×288)+(G碱基数×328)+(T碱基数×303)-61

  例如:引物TGGGCGGCGGTTGGTGTTACG A=1 C=3 G=11 T=6

  MW=(1×312)+(3×328)+(6×303)-61=6541

  3. Oligo DNA的分子量也可以用以下近似方法计算:Oligo DNA中的每个脱氧核苷酸碱基的平均分子量近似为324.5,则一条Oligo DNA的分子量=碱基数×324.5。

  例:您得到一管标为5 OD260的20 mer Oligo DNA

  分子量=20×324.5=6490

  质量数=5×33=165μg

  摩尔数=165/6490=0.025μmol=25nmol

  若加灭菌双蒸水400μl溶解,则浓度为25nmol/400μl=62.5μM

  4. 装有引物的eppendorf管一般保存于-20℃,临用前稀释。

  5. 由于Oligo DNA呈很轻的干膜状附在管壁上,打开时极易散失,所以打开管子前请先离心10,000rpm,1min,然后再慢慢打开管盖。

  6. 在装有引物的eppendorf管内加入100-500μl双蒸水,盖上管盖,充分上下振荡5-10分钟,再次离心10,000rpm,1min。

  7. 计算原引物管primer的浓度(必要时测OD260核对厂家提供引物量是否正确)。

  8. 计算并将应用primer稀释为10pmol/μl。

  9. 标明原引物管、应用引物管、稀释方法,置-20℃保存。

  储备液浓度一般是100pmol/ul.

  P.S. 穿梭质粒含原核和真核生物2个复制子,以确保两类细胞中都能扩增。

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