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1、为脂多糖，性质稳定。能耐100℃达数小时，不被乙醇或0.1%石炭酸破坏。决定o型原特异性的是脂多糖中的多糖侧链部分，以1、2、3等阿拉伯数字表示。例如乙型副伤寒杆菌有4、5、12三个。鼠伤寒杆菌有1、4、5、12四个;猪霍乱杆菌有6、7二个。其中有些o抗原是几种菌所共有，如4、5为乙型副伤寒杆菌和鼠伤寒杆菌共有，将具有共同o抗原沙门氏菌归为一组，这样可将沙门杆氏菌属分为a～z、o51～o63、o65～o67共有42组。已发现26个菌组、161个血清型。使人类致病的沙门氏杆菌大多属于a～e组。o抗原刺激机体主要产生lgm抗体。
2、为蛋白质，对热不稳定，60℃经15分钟或乙醇处理被破坏。具有鞭毛的细菌经甲醇液固定后，其o抗原全部被h抗原遮盖，而不能与相应抗o抗体反应。h抗原的特异性取决于多肽链上氨基酸的排列顺序和空间构型。沙门氏杆菌的h抗原有两种，称为第1相和第2相。第1相特异性高，又称特异相，用a、b、c等表示，第2相特异性低，为数种沙门氏杆菌所共有，也称非特异相，用1、2、3等表示。具有第1相和第2相h抗原的细菌称为双相菌，仅有一相者称单相菌。每一组沙门氏杆菌根据h抗原不同，可进一步分种或型。h抗原刺激机体主要产生lgg抗体。
3、因与毒力有关而命名为vi抗原。由聚-n-乙酰-d-半乳糖胺糖醛酸组成。不稳定，经60℃加热、石碳酸处理或人工传代培养易破坏或丢失。新从患者标本中分离出的伤寒杆菌、丙型副伤寒杆菌等有此抗原。vi抗原存在于细菌表面，可阻止o抗原与其相应抗体的反应。vi抗原的抗原性弱。当体内菌存在时可产生一定量抗体;细菌被清除后，抗体也随之消失。故测定vi抗体有助于对伤寒带菌者的检出。
沙门氏菌-毒性比较
两种生物如果在生物分类上被归入一个种，想必是非常亲近的了。伤寒沙门氏菌SalmonellaTyphi和鼠伤寒沙门氏菌SalmonellaTyphimurium这两个名字，看起来也够像的。不过，它们的行为大不相同，基因序列也没有那么像。
伤寒沙门氏菌只感染人类，损害肝、脾和骨髓，每年导致1600万人生病，60万人死掉，由于越来越多菌株具、有抗药性，情况可能变得更糟。鼠伤寒沙门氏菌对生活环境不那么挑剔，几乎可感染一切地上走的或爬的活物，在人类身上造成的症状一般是食物中毒(爱吃生鸡蛋的人小心)，听起来好像没有伤寒那么可怕，但一些科学家认为它的威胁更大，由此造成的食物中毒事件实际发生数目比报告数目可能多出30倍，每年有上亿人感染，死亡人数比伤寒沙门氏菌多出一倍，主要是婴幼儿和老人。剑桥SANGER中心，连项目的领导者也跟上面的鼠疫杆菌是同一人——从越南弄来了一种能够抵抗多种抗生素的伤寒沙门氏菌菌株。测序发现，它的基因组里有200多个假基因，它们一度起过作用，但在病菌适应人体生活环境的过程中被抛弃了——而这也可能把它逼上了进化的死角。科学家希望，这种单一的口味会使它比较容易对付，只要阻断它感染人类的途径，就有希望根除这种疾病。在此之前，根据基因组也可以设计出更好的疫苗和诊断方法。由于伤寒的症与疟疾和登革热等病相似，很容易搞混。美国SIDNEYKIMMEL癌症中心的科学家对鼠伤寒沙门氏菌进行测序，发现它的假基因比伤寒沙门氏菌少得多，只有40多个。此外，两种病菌还各自拥有几百个对方所不具备的基因。对于同属一种的两种生物来说，这种差异足够让人惊诧。已知的肠道沙门氏菌有2000种之多，有几种已经在测序中，届时大家彼此对照起来看，就更有意思了。
沙门氏菌-危害及影响
沙门氏菌
夏天正是新鲜蔬果抢闸上市的时节，而在大洋彼岸的美国，这个夏天却有不少人因生吃西红柿被“绊倒”了——据最近统计，目前，美国已有30个州几百人因生食了从墨西哥进口的带有沙门氏菌的新鲜西红柿而中毒，患者中至少48人因病情严重住院，其中1人死亡，而“生食疗法”被视为一种健康的时尚，如今听说生吃蔬果也会中毒，不少人十分着急：到底该如何预防?对此，专家指出，并不是所有的蔬果都越鲜吃越好，其实生吃蔬果有不少讲究，有些菜凉拌前一定要用开水焯一下，彻底除尘去虫更卫生。
疫情：美国人生吃西红柿“中毒”
生吃西红柿等新鲜的时蔬水果是再平常不过的事了，然而，在美国中西部和南部30个州，近日却有数百人因生食了从超市或是餐馆购买的新鲜西红柿而出现发烧、腹泻、腹痛等症状，这些西红柿进口自墨西哥。有几十人因病情严重需住院，甚至已有重症病人死亡。美国疾控中心通过检验发现，吃过这些西红柿的患者检查中都发现了沙门氏菌，看来，这是一起严重的沙门氏菌病疫情。
沙门氏菌是美国食物中毒致死的主要原因。美国人对这种病菌一点都不陌生，每年全国大约报告40000例沙门氏菌感染病例。但实际的感染人数可能要达20倍以上，因为许多轻型病人可能未确诊，据不完全统计，每年大约有1000人死于急性沙门氏菌感染。但是，以前各州爆发的疫情几乎都与人们吃了染上沙门氏菌的肉类、蛋类、乳类有关，但迄今为止，很少听说吃蔬果大面积受沙门氏菌污染甚至在人群中引发大疫情的。对此，周福生教授解释说，这可能是西红柿在生长的过程中，由于空气中紫外线不够强烈，植物在灌溉过程或因土壤中含有沙门氏菌，这样才使西红柿的表皮上沾染了沙门氏菌，加上不少人有生食西红柿的习惯，如果没有清洗干净，就完全有可能发生沙门氏菌感染。不光是食用西红柿，其他瓜果蔬菜也一样。
