实际运用时应区分以下不同情况：
(1)进口货物先行申报的，以运输工具申报进境之日实施的税率。
(2)进口转关运输货物，适用指运地海关接受该货物申报进口之日实施的税率。先行申报的，以运抵指运地之日实施的税率;
(3)出口转关运输货物适用启运地海关接受申报之日实施的税率。
(4)经海关批准，实行集中申报的进出口货物，应当适用每次货物进出口时海关接受申报之日实施的税率。
(5)变卖超期未报货物以运输工具申报进境之日实施的税率。
(6)需要追征税款的按行为发生之日实施的税率。不能确定的，按海关发现该行为实施的税率
(7)以申报进境并放行的进口保税货物、减免税货物、租赁货物、暂时进口货物内销或转让需缴纳税款的，适用再次填写报关单申报纳税之日实施的税率。
进口税则分设最惠国税率，协定税率，特惠税率，普通税率，关税配额税率，暂定税率等税率。适用多种税率选择时基本原则是“从低计征”，特殊情况除外。
普通税率适用于没有外交关系的国家和产地不明的进口货物，税率最高，适用于普通税率的不适用其他优惠税率。最惠国税率适用于世贸成员和有外交关系签有相互给予最惠国待遇的国家。税率较普通税率低许多。协定税率适用于与我国签有关税优惠条款的区域性贸易协定的国家，税率较最惠国税率低。特惠税率适用于原产于与我国签有特殊关税优惠条款的区域性贸易协定的国家，税率较协定税率低
适用于最惠国税率的进口货物有暂定税率的适用于暂定税率;适用于协定税率、特惠税率的进口货物有暂定税率的，从低征税;适用于普通税率的不适用暂定税率;配额内关税税率低于配额外关税税率。配额关税、反倾销、反补贴、保障措施、特别关税按有关规定执行。既是适用于协定税率又涉及反倾销、反补贴的，适用于协定税率;享受协定税率的商品又涉及保障措施的，在全部或部分终止、撤消、修改关税减让义务后所确定的适用税率计征。
执行关税减让，在最惠国税率上计算减征税率，如适用其他特惠税率协定税率的，从低计征。不得在暂定税率基础上在进行减让。
适用于ITA税率的信息技术产品(税率较低)又适用于其他优惠税率的，适用于ITA税率。
出口有暂定税率的优先适用。
