从代建制试点至今，各地都进行了许多有益的探索，但由于国家尚未颁布相应的管理办法，在代建项目实施过程中面临的一些问题还没有明确的法律依据，各地在实践探索中对代建制的理解不同，对政府投资项目管理体制改革目的缺乏深入的认识，从而在代建制的做法及操作上出现了一些问题，值得业内人士思考。
难题一：代建制法律地位
我国目前尚无适应于项目代建制的法律、法规及操作细则。由于法律法规没有对代建人授予相应的法律地位，代建合同的主体和主体之间的关系不清晰，代建人在履行代建职能时，难以正确地把握工作的范畴和职责。代建人在国家基本建设程序中没有法律授予的地位，因此，客观上无法得到各级政府和建设相关管理、备案部门的认可，实际操作过程中遇到很多困难，如施工验收相关表格上就没有代建单位签署意见的栏目。虽然各方面已经给予了一些变通和处理方式，但实际上仍必须是建设方(有时为使用方)出面进行各项手续办理，导致代建工作效率低下。因此现阶段应尽快出台代建人在国家基本建设程序中作为建设方(有时为使用方)的法律文件，明确代建人在项目等代建期间应有的法律地位和其责任、权力、义务等；同时应该赋予其相应的权力，使代建人全面负责项目建设全过程的组织管理，更好地发挥其作用，达到我国对非经营性政府投资项目推行“代建制”的目的。
难题二：代建人的定位
代建人是被委托人还是承包人这个问题必须加以明确，这涉及到代建各方责权利的划分。在民法中，“代理”是指代理人在代理范围内，以被代理人的名义或自己的名义独立与第三人进行民事行为，由此产生的法律效果直接或间接归属被代理人的法律制。民法所解释的代理的特征之一是：代理所产生的法律效果是由委托方承担的。而在代建制中，代建人接受业主即投资方的委托，承担建设项目全过程的管理工作，在此过程中产生的民事责任是由代建方承担的，这与民法中规定的代理的含义相违背，|考试大|因此有人认为“代”解释为“代理”是不合理的，代建人是以承包人的身份出现在代建活动中。
被委托人和承包人完全是两个概念，代建是基于委托代理理论发展而来的，但由于一方面代建制度的相关规定现在基本由计划投资部门即发改委为主在推动，另一方面项目管理和监理又是由建设行政主管部门在推动，造成代建制向项目管理靠拢时出现实际的操作困难。尽管代建机构作为项目法人的制度设计与现行的法律环境还存在一定矛盾，但是代建制还是应该属于委托代理范畴的。代建制是一种管理模式，具体说来就是由谁来管理工程。针对具体的代建合同而言，业主将工程项目管理工作委托给代建单位，代建单位完成委托任务，并得到相应的报酬，这是比较完整意义上的委托代理；对代建制是否属于委托代理关系的争论焦点在于：代建人在工程建设过程中承担风险。委托代理的特征之一是代理人在授权范围内独立工作并且不承担由此产生的后果。而现在为了保证投资效果，对代建人责任赔偿有具体的规定：如果代建人在建设过程中擅自变更建设内容、扩大建设规模、提高建设标准，致使工程延长、投资增加或工程质量不合格，所造成的损失或投资增加额一律从代建人的银行履约保函中补偿；履约保函金额不足的，相应扣减项目代建管理费；项目代建管理费不足的，由建设实施单位用自有资金支付。但是按照委托代理理论，在委托人缺乏监督或委托人无力监督的情况下，代理人都可能发生追求自身利益而背离委托人利益的行为，引发委托代理问题。为了取得代理效果，都将面临一个共同的难题，即解决非对称信息下的代理人激励问题和制约问题。结合工程的特点和惯例，可将代建人的风险问题看作是对委托代理问题的解决手段。或者可将代建人风险问题看作是代建人的违约处理。就代建合同本身的风险而言，代建制还是可以看作是委托代理范畴的。
难题三：代建企业的市场准入
目前“代建制”处于起步阶段，设立专门的代建资质的条件还不成熟，国家目前还没有相对统一的“代建制”管理办法，部分省、市在出台有关暂行规定或管理办法。现阶段的代建企业由下面三种单位转化而来：一是由原来政府部门负责基本建设的人员组建而成，并在各自系统开展代建业务；二是由投资咨询、造价咨询、建设监理、招标代理等咨询单位拓展业务来从事代建业务；三是由具有总承包资质的勘察设计和施工单位转变而来。
从试点情况看对应代建开展业务也主要有这么三种情况：全过程代建、建设期代建和分工代建。针对代建企业的组建和代建业务开展的现状，建议代建业务应市场化，政府推出代建市场，这样利于政企分开，转变政府职能，避免贪污腐败的发生；建议代建服务范围应选择建设项目全过程代建。应由建设行政主管部门尽快根据是否具有建设项目全过程管理的能力或业绩、注册资本金、技术力量制定代建制企业资质标准。通过资质标准把好市场准入关，避免现在不具备全过程管理条件的招标代理、造价咨询、建设监理等企业摇身一变成为代建企业，这样做不仅达不到推行代建制的初衷，还会导致社会资源的浪费。
难题四：代建费用及代建招投标
按照《财政部关于切实加强政府投资项目代建制财政财务管理有关问题的指导意见》(财建[2004]300号)中规定：建设单位自行确定项目代建单位和政府设立(或授权)产生的代建单位，其代建管理费按不高于基建财务制度规定的项目建设单位管理费标准严格核定；政府招标产生的项目代建单位，其代建管理费标底由同级财政部门比照基建财务制度规定的建设单位管理费标准编制。很多地方建设单位管理费还要在建设单位和代建单位之间分配，按现在建设单位|考试大|管理费取费标准执行(相当于总投资的0.8～1.8%)计算，代建单位取得的代建费用在总投资的1%左右与监理取费相当.代建管理费标准偏低同时，按《非经营性政府投资项目代建制管理暂行办法》的要求代建企业还要提供总额度为工程概算投资的3～10%履约担保，这种投资收益与投资风险的责任不对称，严重挫伤了代建人的积极性，不利于吸引优秀企业参与代建。
如果代建制准入门槛过低，在采取招标形式选择代建单位时，必然又会导致代建费用的恶性竞争，从而步上建设监理制度的老路。建议尽快制定代建取费标准，并在招投标时不以代建费为主要评价标准，以代建单位的类似业绩和信誉、项目经理、拟投入的项目管理机构的人员组成(团队) 、财务能力、代建方案等各种综合因素评标。
