但是，与迅速发展的非公有制经济相比，非公有制企业党的建设工作无论是广度还是深度，都与之远远不相适应，还存在一定的问题，主要表现在：
一是非公有制企业党的建设滞后于非公有制经济的发展规模和速度，特别是自然人登记注册的非公有制企业比较突出。全市60xxxx非公有制企业只有1xxxx建立了党的组织，其中有1xxxx是原国有企业转制成的私营企业，以自然人登记注册的非公有制企业仅有xxxx成立党支部。
二、党的力量比较薄弱。在非公经济组织中党员数量偏少，不少党组织基本上没有做党员的发展工作，加强党的新生力量的培养、补充新鲜血液，解决后继乏人的问题十分迫切。
三、党组织关系不顺。主要反映在转制企业中，有的公有制企业转制后，出现党组织无处挂、党员无人管，在归谁管的问题上争议较多，这样就导致出现了组织活动没有正常开展，党员党费没有人收缴的情况。
四、党内组织生活和党内活动开展的不正常。由于制度建设的滞后、部分非公有制经济组织党建得不到业主的重视以及党组织的角色定位难以把握，党内组织生活和党的活动在时间、阵地、经费等方面得不到充分保证，党组织在实际工作中无所适从，党内的组织生活和党内活动不能正常开展。少数成立了党组织的个体私营企业党组织，根本没有开展党建工作，随意性很大，完全流于形式。
五、党员职工的流动性和不稳定性，决定了对党员的教育管理非常难。非公经济组织中的下岗党员、流动党员和退休党员流动性和不稳定性很突出，有的下岗失业，有的长期在外打工，有的经商务工、小商小贩，有的生活都难以维计，一些同志认为要不要党员资格，转不转党组织关系，通知开会学习去不去都无所谓了，极个别党员失去了联系，原单位党组织开展活动、组织学习、收取党费根本通知不到人。
六、业主有顾虑。部分自然人登记注册的非公有制企业还是有建立党组织的想法，因为他们看到，在企业的生产经营中，党员总是在体现着先锋模范作用，往往是生产中的骨干，业务上的尖子，员工们的核心。但是这些非公有制企业主又有担心，比如，成立了党组织后，是否企业主的生产决策就要受到党组织的领导;党组织成立后，管理体制怎样理顺;企业怎样处理与党组织的关系等等。
xx市非公有制经济组织党建工作中存在的上述问题，主要有以下几个方面的原因：
1、思想认识上的误区，使非公有制经济组织党建工作思想基础脆弱。从不同层次的思维主体来分析，主要有以下五种思想倾向：一是有些上级行业和主管部门党组织报着无所作为——有“消极观望”思想倾向。有些同志认为，非公有制经济组织的经济成份和性质变了，它自己发展是自己的事，成为真正的自我约束、自我完善、自我发展的法人实体，完全按照市场经济规律办事。没有把非公有制经济组织党建工作摆上议事日程，工作普遍无指导、无要求、放任自流。二是党员的复杂、懈怠心态——“打工雇佣”思想倾向。在非公有制经济组织里，业主和党员职工是双向选择关系，很多党员认为自己是临时的，流动性比较大，饭碗掌握在“老板”手里，随时有“炒鱿鱼”的可能，因而干一天是一天，难以把自己的个人目标同非公有制经济组织党的整体目标、企业发展目标有机结合在一起，难以行使党员的权利和承担党员的义务，失去了党员应有的作用。三是非公有制经济组织党组织理不直、气不壮——“配角从属”思想倾向。部分党员认为，建立党组织和开展党建活动，受制于业主的制约和约束。在非公有制经济组织里的党组织，普遍缺少执政党的意识，对开展党建工作往往看业主的脸色行事，发挥党组织自身作用感到信心不足。虽然绝大多数的党组织得以从原来的国有和集体企业里“移植”了下来，但在开展党建工作时普遍感到与过去有了反差，党的活动时间、经费也不再像过去那样有保证，开展活动越来越理不直、气不壮，久而久之，党组织成了企业里的“配角”甚至“点缀”。四是非公制经济组织的业主对党组织——“淡漠排斥”思想倾向。部分业主认为，设立党的组织、开展党的活动会增加企业的生产经营成本。在一些非公有制经济组织的业主看来，担心在非公有制经济组织建立党组织以后，开展党的活动会占用生产经营的时间，增加管理人员，加大营运成本，因而不欢迎党的组织进入自己的经济组织。五是价值利益的多元化，使得年青人不愿靠拢党组织——“急功近利”思想倾向。
