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建立健全决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调的权力结构和运行机制，是新形势下加强党的建设的必然选择，是中国特色社会主义政治文明建设的重要内容，是一项全新的开创性工作和复杂的系统工程。实践中，要秉承试点先行、总结完善、统筹推进、重在建设的原则，适应新形势新任务，围绕实现依法执政、民主执政、科学执政和提高领导水平、执政能力的要求，通过改革创新，不断调整机构设置，进行科学制度设计，逐步实现党内权力运行机制结构合理、配置科学、程序严密、制约有效的新目标、新要求。
坚持内生性与移植性、渐进性与创新性相结合，逐步实现党内权力运行机制的自我调整、自我改革、自我完善。一个良好的制度安排应该是内生性和移植性、渐进性和创新性的优势兼容并蓄。我国在经济体制改革中探索出了一条中国特色的成功模式。即在保持社会稳定的前提下，既坚持独立自主的发展战略，又借鉴吸收西方发达市场经济体制中具有国际惯例性质的规则；既从中国国情出发，逐步革除不适合现代化要求的旧的经济体制机制，又创造性地提出了社会主义市场经济、所有制形式、分配形式等一系列中国特色的新的经济理念。经济领域如此，在政治、政党领域也是这样。建立健全相互制约协调的权力运行机制是一个长期的过程，不可毕其功于一役，不可一蹴而就，不可“另起炉灶”，要在现有基础上，采取分步实施、逐步递进的方式，逐步实现自我调整、自我改革、自我完善。既要尊重各地的首创精神，鼓励各地大胆试点探索，又要吸收借鉴国外的成功经验和通行做法为我所用。
加强党内民主建设，积极构建推动民主参与、民主选举、民主决策、民主监督的机制制度。党内民主是党的生命，对人民民主具有重要的示范和带动作用。发扬党内民主是建立健全相互制约协调的党内权力运行机制的基础条件。只有发展党内民主，才能充分调动全党的积极性、主动性、创造性，集思广益，群策群力，集中全党智慧，凝聚全党意志，使党和国家的事业始终沿着正确的方向前进；才能有效保障涉及党内重大事项的决策更科学，各项决策的贯彻执行更有效，对党的各级领导机关和领导干部的监督更有力。加强党内民主建设，要以保障党员民主权利为基础，以完善党的代表大会制度和党的委员会制度为重点，认真落实《中国共产党党员权利保障条例》，切实保障党员的选举权、被选举权、表决权、知情权、批评权、建议权、参与权、申诉权等八项权利，积极构建推动民主参与、民主选举、民主决策、民主监督的机制制度，使我们党始终保持先进性和纯洁性,始终充满创造力、凝聚力和战斗力，真正在党内形成既有集中又有民主,既有纪律又有自由，既有统一意志又有个人心情舒畅的生动活泼的政治局面，确保党内科学决策、合力执行、有效监督。
着力于党内、着眼于党外，形成相互推动、统筹推进的良性发展格局。建立健全相互制约协调的权力运行机制，不能仅仅局限于党内。我们党作为执政党，其权力运行机制必然对国家政权系统权力运行机制产生巨大影响，反之亦然。因此，建立健全相互制约协调的权力运行机制要着力于党内、着眼于党外。党的十七大以来，各级政府着力转变职能、理顺关系、优化结构、提高效能，积极推进大部制改革。一些地方积极进行行政决策权、执行权、监督权相互制约相互协调的政府架构探索。山东省提出加强决策目标、执行责任、考核监督的“三个体系”建设，并制定了若干规定，等等。对此，要认真总结经验，努力形成党内外相互推动、统筹推进的良性发展格局。
推进政治文化建设，创设良好的政治文化氛围。毫无疑问，政治行为必然会受政治文化的影响和制约。参与政治活动的各行为主体的政治认知、政治评价、政治选择等因素，对其政治行为方式的选择具有支配作用，不仅影响权力运行过程，还影响着其他利益相关者的行为。因此，建立健全相互制约协调的权力运行机制，要加强政治文化建设。按照科学理论武装、具有世界眼光、善于把握规律、富有创新精神的要求，在党内加强马克思主义理论、中国特色社会主义理论、社会主义核心价值体系的学习教育，引导各级领导干部树立大局意识、执政意识和宗旨意识，坚持立党为公、执政为民，做到权为民所用、情为民所系、利为民所谋，努力创设公平、公正、公开和清明、清正、清廉的政治文化环境。
